Dom Charles-Rafaël Payeur a créé en 1991 une Fondation visant à soutenir financièrement la Fraternité Sacerdotale Saint Jean l'Évangéliste en lui fournissant notamment des lieux de cultes, en publiant et distribuant ses publications pour fins de culture religieuse et en finançant plus globalement l'ensemble des nécessités du culte.

Cette Fondation se donne également pour but de rassembler et préserver les vêtements et objets de culte ainsi que les oeuvres d'art sacré rattachées au culte chrétien comme aux cultes plus anciens.

Enfin, la Fondation Mgr Charles-Rafaël Payeur s'efforce de soutenir l'Église Catholique Apostolique du Brésil en lui offrant des objets nécessaires au culte et en la soutenant financièrement dans la mesure de ses possibilités, lui apportant en outre son support pour ses oeuvres caritatives en faveur des pauvres et des enfants du Brésil.

Pour ce faire, la Fondation Mgr Charles-Rafaël Payeur peut recevoir des dons, legs testamentaires et autres contributions de même nature en argent, en valeurs mobilières ou immobilières.
Aussi, la participation de chacun est évidemment très appréciée. Sur un plan concret, cette Fondation est reconnue par le Gouvernement du Canada comme oeuvre de charité enregistrée sous le matricule 0940379-43. Il est donc possible à tout Canadien d'obtenir une exemption d'impôt pour tout don qu'il lui destine.